ژنـ پروتکل، مرجع جدیدترین یافته های علمی، روشها، پروتکل ها، کتاب ها و اطلس ها

  • geneprotocols@gmail.com

بیوانفورماتیک آر ان ای RNA RNA Bioinformatics

  • ۱۳۰
بیوانفورماتیک آر ان ای RNA  RNA Bioinformatics

فهرست مطالب:

 

Preface . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . v

Contributors. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . xi

1 Advanced Design of Structural RNAs Using RNARedPrint . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1

2 Modeling and Predicting RNA Three-Dimensional Structures. . . . . . . . . . . . . . . . 17

3 Motif Discovery from CLIP Experiments . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43

4 Profiling of RNA Structure at Single-Nucleotide Resolution Using nextPARS . . . . . . . .  . . . 51

5 RNA Framework for Assaying the Structure of RNAs by High-Throughput Sequencing. . . . . 63

6 Using RNentropy to Detect Significant Variation in Gene Expression Across Multiple RNA-Seq or Single-Cell RNA-Seq Samples. . . . . . . . . . . . . . . . . . 77

7 Statistical Modeling of High Dimensional Counts . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 97

8 QuickIsoSeq for Isoform Quantification in Large-Scale RNA Sequencing . . . . . . . 135

9 Summarizing RNA-Seq Data or Differentially Expressed Genes

Using Gene Set, Network, or Pathway Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 147

10 Computational Analysis of circRNA Expression Data. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 181

11 Differential Expression Analysis of Long Noncoding RNAs . . . . . . . . . . . . . . . . . . 193

12 Micro-RNA Quantification, Target Gene Identification,

and Pathway Analysis. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 207

13 In Silico Analysis of Micro-RNA Sequencing Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 231

14 RNA Editing Detection in HPC Infrastructures . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 253

15 Identification of Genes Post-Transcriptionally Regulated from RNA-seq:

The Case Study of Liver Hepatocellular Carcinoma . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 271

16 Computational Analysis of Single-Cell RNA-Seq Data. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 289

17 Normalization of Single-Cell RNA-Seq Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 303

18 Dimensionality Reduction of Single-Cell RNA-Seq Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 331

19 Single-Cell RNA Sequencing Analysis: A Step-by-Step Overview . . . . . . . . . . . . . 343

20 RNA-Seq Data Analysis in Galaxy. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 367

21 RAP: A Web Tool for RNA-Seq Data Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 393

22 iDEP Web Application for RNA-Seq Data Analysis. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 417

23 Exploring Noninvasive Biomarkers with the miRandola Database:

A Tool for Translational Medicine . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 445

24 Database Resources for Functional Circular RNAs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 457

25 Databases for RNA Editing Collections. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 467

26 MODOMICS: An Operational Guide to the Use of the RNA Modification

Pathways Database . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 481

27 MeT-DB V2.0: Elucidating Context-Specific Functions

of N6-Methyl-Adenosine Methyltranscriptome . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 507

28 WHISTLE: A Functionally Annotated High-Accuracy Map

of Human m6A Epitranscriptome . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 519

29 Transcript Identification Through Long-Read Sequencing . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 531

30 Transcript Isoform-Specific Estimation of Poly(A) Tail Length

by Nanopore Sequencing of Native RNA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 543

31 Nanopore RNA Sequencing Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 569

Index . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 579

مشخصات فایل

عنوان (Title):

بیوانفورماتیک آر ان ای RNA

RNA Bioinformatics

نام فایل (File name):
591-www.GeneProtocols.ir-RNA Bioinformatics-Humana (2021).pdf
ایجاد کننده: Ernesto Picardi
زبان (Language): انگلیسی English
سال انتشار: 2021
شابک ISBN: 1071613065,9781071613061
نوع سند (Doc. type): کتاب
فرمت (File extention): pdf
حجم فایل (File size): 37.7 Mb
تعداد صفحات (Book length in pages): 576
















نظرات: (۰) نظر خود را ارسال کنید
ارسال نظر آزاد است، اما اگر قبلا در بیان ثبت نام کرده اید می توانید ابتدا وارد شوید.
شما میتوانید از این تگهای html استفاده کنید:
<b> یا <strong>، <em> یا <i>، <u>، <strike> یا <s>، <sup>، <sub>، <blockquote>، <code>، <pre>، <hr>، <br>، <p>، <a href="" title="">، <span style="">، <div align="">
تجدید کد امنیتی