ژنـ پروتکل، مرجع جدیدترین یافته های علمی، روشها، پروتکل ها، کتاب ها و اطلس ها

  • geneprotocols@gmail.com

مرجع دانلود کتابها و منابع علوم زیستی | قدرت گرفته از بیان

بیوانفورماتیک گیاهی- روش ها و پروتکل ها Plant Bioinformatics_ Methods and Protocols

  • ۳۴
بیوانفورماتیک گیاهی- روش ها و پروتکل ها Plant Bioinformatics_ Methods and Protocols

فهرست مطالب:

Contents

Preface .. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . v
Contributors.. . . . . . . . . . . . . . . . xi
1 Using GenBank and SRA . . . . .  . . . . . . . 1
2 Scripting Analyses of Genomes in Ensembl Plants. . . . . .  . . . . . . 27
3 CyVerse for Reproducible Research: RNA-Seq Analysis . . . . . . . . . . . . . 57
4 Doing Genetic and Genomic Biology Using the Legume
Information System and Associated Resources. . . . . . . . .  . . . . . 81
5 Gramene: A Resource for Comparative Analysis of Plants Genomes
and Pathways .. . . . . . . . . . 101
6 CerealsDB: A Whistle-Stop Tour of an Open Access SNP Resource . . . . . . . . . . . 133
7 The Barley and Wheat Pan-Genomes . . . . . . . . . . . 147
8 Basics of Bash .. . . . . . . . . 161
9 Pipeline Automation via Snakemake . . . . . . . . . . . . 181
10 SciApps: An Automated Platform for Processing and Distribution
of Plant Genomics Data .....197
11 Trimming and Validation of Illumina Short Reads Using Trimmomatic,
Trinity Assembly, and Assessment of RNA-Seq Data . . . . . . . . . .  . . . . . 211
12 De Novo Assembly of Linked Reads Using Supernova 2.0 . . . . . . . . . . . . . 233
13 Applications of Optical Mapping for Plant Genome Assembly
and Structural Variation Detection . . . . . .  . . . 245
14 Making a Pangenome Using the Iterative Mapping Approach . . . . . . . . . 259
15 Construction of Practical Haplotype Graph (PHG)
with the Whole-Genome Sequence Data. . . . . . . . . . 273
16 Visualization Tools for Genomic Conservation . . . . . . . . . . . . 285
17 Annotation of Protein-Coding Genes in Plant Genomes. . . . . . . . . . . . . 309
18 Finding and Characterizing Repeats in Plant Genomes . . . . . . . . . .. . . . . . 327
19 Gene Co-expression Network Analysis. . . . . . . . . . . . 387
20 Skim-Based Genotyping by Sequencing Using a Double Haploid
Population to Call SNPs, Infer Gene Conversions, and Improve
Genome Assemblies .. . . . 405
21 Managing High-Density Genotyping Data with Gigwa . . . . . . . . .  . . . . . . 415
22 Machine Learning for Image Analysis: Leaf Disease Segmentation . . . . . . . . . . . . 429
23 Analysis of Bisulfite Sequencing Data Using Bismark
and DMRcaller to Identify Differentially Methylated Regions . . . . . . . . . . . . . . . . 451
24 Long Intergenic Noncoding RNA (lincRNA) Discovery
from Non-Strand-Specific RNA-Seq Data. . . . . . .. . . . . . . 465
25 Linkage Disequilibrium Statistics and Block Visualization. . . . .. . . . . 483
26 Analysis of Small RNA Sequencing Data in Plants. . . . . .  . . . . . . . 497
27 Plant Reactome and PubChem: The Plant Pathway
and (Bio)Chemical Entity Knowledgebases . . . . . . . . .. . . . . 511
28 AgroLD: A Knowledge Graph Database for Plant Functional
Genomics .. . . . . . . . . . . . . 527
Index .. . . . . .. . . 541

 

مشخصات فایل

عنوان (Title): Plant Bioinformatics_ Methods and Protocols
نام فایل (File name): 717-www.GeneProtocols.ir-Plant Bioinformatics_ Methods and Protocols-Humana (2022).pdf
عنوان فارسی (Title in Persian): بیوانفورماتیک گیاهی- روش ها و پروتکل ها
ایجاد کننده: David Edwards
زبان (Language): انگلیسی English
سال انتشار: 2022
شابک ISBN: 9781071620663
نوع سند (Doc. type): کتاب
فرمت (File extention): PDF
حجم فایل (File size): 17.2 مگابایت
تعداد صفحات (Book length in pages): 541

پس از پرداخت، دانلود فایل آغاز می شود

نظرات: (۰) نظر خود را ارسال کنید
ارسال نظر آزاد است، اما اگر قبلا در بیان ثبت نام کرده اید می توانید ابتدا وارد شوید.
شما میتوانید از این تگهای html استفاده کنید:
<b> یا <strong>، <em> یا <i>، <u>، <strike> یا <s>، <sup>، <sub>، <blockquote>، <code>، <pre>، <hr>، <br>، <p>، <a href="" title="">، <span style="">، <div align="">
تجدید کد امنیتی