راهنمای فارسی طراحی پرایمر PCR با استفاده از نرم افزار Primer3Plus

(همراه با توضیحاتی درخصوص پارامترهای تاثیرگذار در طراحی پرایمر)

طراحی آغازگرهای اولیگو نوکلئوتیدی یک مرحله بسیار مهم و حیاتی برای موفقیت در آزمایشات زیست شناسی مولکولی است که برای انجام واکنش زنجیره ای پلیمراز ضروری است. واکنش PCR از سیکل های سه مرحله ای تشکیل می شود که این مراحل دناتوراسیون، اتصال پرایمر و گسترش هستند. در طی دناتوراسیون، مولکول DNA دورشته ای (رشته های الگو) باز شده و تک رشته ای می شود. در فرآیند اتصال، یک جفت آغازگر به نواحی مکمل در مولکول های تک رشته ای متصل می شوند. در مرحله گسترش، DNAپلیمراز پرایمرها را گسترش می دهد تا قطعه ای از DNA را که توسط دو پرایمر احاطه شده تولید نماید (آمپلیکون ها). تمامی این مراحل نسبت به دما حساس هستند و معمولاً دمای مناسب برای مراحل دناتوراسیون، اتصال و گسترش به ترتیب 94 درجه، 60 درجه و 70 درجه سانتیگراد است. اگر پرایمرها به درستی طراحی نشوند، هیچ محصولی تکثیر نمی شود یا قطعات ناخواسته اضافی تولید می شوند. از جمله اهداف طراحی پرایمر می توان به اختصاصی بودن بالای پرایمر، بازدهی مطلوب اتصال، دمای تجزیه مناسب، محتوای GC بهینه و جلوگیری از تشکیل سنجاق پرایمر یا دایمر پرایمر اشاره نمود.

نرم افزار Primer3Plus یکی از کاربردی ترین نرم افزارها برای طراحی پرایمر است که به صورت آنلاین و رایگان در دسترس است. این نرم افزار امکان ویرایش و تنظیم پارامترهای مختلف ورودی را به کاربر می دهد تا پرایمرهای اختصاصی و دقیقتری شناسایی نماید. در این دستورالعمل، ضمن آموزش مرحله به مرحله کار با این نرم افزار، توضیحاتی درخصوص نحوه صحیح طراحی پرایمر، طراحی پرایمر برای توالی یابی و کلونینگ و همچنین نحوه چک کردن اختصاصی بودن پرایمرهای طراحی شده در اختیار مخاطب قرار خواهد گرفت.

فهرست مطالب

مقدمه.............. 2

آنچه برای کار با این نرم افزار نیاز دارید..............2

روش کار..............3

مطالب تکمیلی.............. 7

مروری بر اصول کلی طراحی پرایمر.............. 9

باکس 1- چند نکته درخصوص موارد خاص در طراحی پرایمر.............. 10

    طراحی پرایمر برای توالی یابی (توالی یابی مجدد) مبتنی بر پرایمر سفارشی کلون ها.............. 10

    آغاز و پایان محصولات کلونینگ در یک موقعیت خاص..............11

    چک کردن اختصاصی بودن پرایمرهای انتخاب شده..............11

سخن پایانی ..............  12

پرداخت و دانلود از طریق لینک زیر