-
قابل دانلود از دوشنبه, ۶ آذر ۱۴۰۲
|
فهرست مطالب: Preface ......... . . . . vContributors......... xi 1 Machine Learning Prediction of Antimicrobial Peptides ... . . . . 1 2 Tools for Characterizing Proteins: Circular Variance, Mutual Proximity, Chameleon Sequences, and Subsequence Propensities ... . . . . . . 39 3 Exploring the Peptide Potential of Genomes .... . . . . . . 63 4 Computational Identification and Design of Complementary β-Strand Sequences ....... . . . . 83 5 Dynamics of Amyloid Formation from Simplified Representation to Atomistic Simulations ....... 95 6 Predicting Membrane-Active Peptide Dynamics in Fluidic Lipid Membranes ....... . . . . . . 115 7 Coarse-Grain Simulations of Membrane-Adsorbed Helical Peptides........ 137 8 Peptide Dynamics and Metadynamics: Leveraging Enhanced Sampling Molecular Dynamics to Robustly Model Long-Timescale Transitions ........ . . . . 151 9 Metadynamics Simulations to Study the Structural Ensembles and Binding Processes of Intrinsically Disordered Proteins ... . . 169 10 Computational and Experimental Protocols to Study Cyclo-dihistidine Self- and Co-assembly: Minimalistic Bio-assemblies with Enhanced Fluorescence and Drug Encapsulation Properties .... . . 179 11 Computational Tools and Strategies to Develop Peptide-Based Inhibitors of Protein-Protein Interactions..... . 205 12 Rapid Rational Design of Cyclic Peptides Mimicking Protein–Protein Interfaces ...... . . . . . . 231 13 Structural Prediction of Peptide–MHC Binding Modes ... . . . . 245 14 Molecular Simulation of Stapled Peptides ..... . 283 15 Free Energy-Based Computational Methods for the Study of Protein-Peptide Binding Equilibria ..... . . . . 303 16 Computational Evolution Protocol for Peptide Design ... . . . . . 335 17 Computational Design of Miniprotein Binders .... . . . . 361 18 Computational Design of Peptides with Improved Recognition of the Focal Adhesion Kinase FAT Domain ....383 19 Knowledge-Based Unfolded State Model for Protein Design... 403 Index ......... . . . . . 425 |
|
|
فهرست به فارسی (ترجمه ماشینی): پیشگفتار ......... . . . . vمشارکت کنندگان......... xi 1 پیش بینی یادگیری ماشینی پپتیدهای ضد میکروبی ... . . . . 1 2 ابزار برای مشخص کردن پروتئین ها: واریانس دایره ای، مجاورت متقابل، دنباله های آفتاب پرست، و تمایلات بعدی ... . . . . . . 39 3 بررسی پتانسیل پپتیدی ژنوم ها .... . . . . . . 63 4 شناسایی محاسباتی و طراحی دنباله های بتا رشته مکمل ....... . . . . 83 5 دینامیک تشکیل آمیلوئید از نمایش ساده تا شبیه سازی اتمی ....... 95 6 پیش بینی دینامیک پپتید فعال غشایی در غشاهای لیپیدی سیال ....... . . . . . . 115 7 شبیه سازی درشت دانه پپتیدهای حلزونی جذب شده با غشاء... 137 8 دینامیک پپتید و متادینامیک: بهره‌برداری از دینامیک مولکولی نمونه‌برداری پیشرفته برای مدل‌سازی قوی انتقال‌های درازمدت ........ . . . . 151 9 شبیه‌سازی متادینامیک برای مطالعه مجموعه‌های ساختاری و فرآیندهای اتصال پروتئین‌های با اختلال ذاتی .... . 169 10 پروتکل محاسباتی و تجربی برای مطالعه خودآرایی و هم‌آمیزی سیکلو دی هیستیدین: مجموعه‌های زیستی حداقلی با خواص فلورسانس و کپسولاسیون دارویی پیشرفته .... . . 179 11 ابزار محاسباتی و استراتژی برای ایجاد مهارکننده های مبتنی بر پپتید در تعاملات پروتئین-پروتئین..... . 205 12 طراحی منطقی سریع پپتیدهای حلقوی با تقلید از رابط های پروتئین-پروتئین ...... . . . . . . 231 13 پیش بینی ساختاری حالت های اتصال پپتید-MHC ... . . . . 245 14 شبیه سازی مولکولی پپتیدهای منگنه ..... . 283 15 روش محاسباتی مبتنی بر انرژی رایگان برای مطالعه تعادل های اتصال پروتئین-پپتید ..... . . . . 303 16 پروتکل تکامل محاسباتی برای طراحی پپتید ... . . . . . 335 17 طراحی محاسباتی Miniprotein Binders .... . . . . 361 18 طراحی محاسباتی پپتیدها با بهبود تشخیص حوزه چربی کانونی چسبندگی کیناز ....383 19 مدل حالت بازشده مبتنی بر دانش برای طراحی پروتئین... 403 فهرست مطالب ......... . . . . . 425 |
|
|
مشخصات فایل |
|
| عنوان (Title): | Computational Peptide Science_ Methods and Protocols |
| نام فایل (File name): | 1205-www.GeneProtocols.ir-Computational Peptide Science_ Methods and Protocols-Humana (2022).pdf |
| عنوان فارسی (Title in Persian): |
علوم محاسباتی پپتیدها - روشها و پروتکل ها |
| ایجاد کننده: | Thomas Simonson |
| زبان (Language): | انگلیسی English |
| سال انتشار: | 2022 |
| شابک ISBN: | ISBN 978-1-0716-1854-7 ISBN 978-1-0716-1855-4 (eBook) |
| نوع سند (Doc. type): | کتاب |
| فرمت (File extention): | |
| حجم فایل (File size): | 13.1 مگابایت |
| تعداد صفحات (Book length in pages): | 434 |
پس از پرداخت، دانلود فایل آغاز می شود
درباره درگاه پرداخت نکست پی بیشتر بدانید
تمامی درگاه های پرداخت ژنـ پروتکل توسط شرکت دانش بنیان نکست پی پشتیبانی می شود. نکست پی دارای مجوز رسمی پرداختیاری به شماره 1971/ص/98 ، از شرکت شاپرک و بانک مرکزی جمهوری اسلامی ایران و دارای نماد اعتماد در حوزه (متمرکزکنندگان پرداخت) از مرکز توسعه تجارت الکترونیکی وزارت صنعت معدن و تجارت است.
