کتاب، اطلس، پروتکل، هندبوک، مقاله فارسی/ پزشکی، بیولوژی، کشاورزی و...

  • geneprotocols@gmail.com

دانلود کتابها و منابع علوم زیستی | قدرت گرفته از بیان

-

پلی پلوئیدی - روشها و پروتکل ها Polyploidy_ Methods and Protocols

پلی پلوئیدی - روشها و پروتکل ها Polyploidy_ Methods and Protocols

فهرست مطالب:

Preface  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . . . . v
Acknowledgments .  .  .  .  .  .  .  .  .  . . vii
Contributors .  .  .  .  .  .  .  .  .  . . . . . . xiii
PART I COMPARATIVE GENOMICS TO STUDY (PALEO-)POLYPLOIDY
1 Inference of Ancient Polyploidy from Genomic Data  .  .  .  . 3
Hengchi Chen and Arthur Zwaenepoel
2 Navigating the CoGe Online Software Suite for Polyploidy
Research  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . . . . 19
Victor A. Albert and Trevor J. Krabbenhoft
3 Inference of Ancient Polyploidy Using Transcriptome Data  .  .  . 47
Jia Li, Yves Van de Peer, and Zhen Li
4 POInT: Modeling Polyploidy in the Era of Ubiquitous Genomics  .  . 77
Gavin C. Conant
5 Applying Machine Learning to Classify the Origins
of Gene Duplications  .  .  .  .  .  .  .  . . . . . 91
Michael T. W. McKibben and Michael S. Barker
PART II PHYLOGENETICS TO STUDY POLYPLOIDY
6 Phasing Gene Copies into Polyploid Subgenomes Using
a Bayesian Phylogenetic Approach  .  .  .  .  .  . . . . . 123
William A. Freyman and Carl J. Rothfels
7 Constraining Whole-Genome Duplication Events
in Geological Time .  .  .  .  .  .  .  .  . 139
James W. Clark and Philip C. J. Donoghue
8 SCORPiOs, a Novel Method to Reconstruct Gene Phylogenies
in the Context of a Known WGD Event  .  .  .  .  . . . . . . 155
Elise Parey, Hugues Roest Crollius, and Camille Berthelot
9 Inferring Chromosome Number Changes Along a Phylogeny
Using chromEvol  .  .  .  .  .  .  .  .  . . 175
Anna Rice and Itay Mayrose
10 PURC Provides Improved Sequence Inference for Polyploid Phylogenetics
and Other Manifestations of the Multiple-Copy Problem  .  .  . . . 189
Peter Schafran, Fay-Wei Li, and Carl J. Rothfels
ixx Contents
PART III ANALYSIS OF GENE EXPRESSION AND REGULATION IN POLYPLOIDS
11 Analyses of Genome Regulatory Evolution Following Whole-Genome
Duplication Using the Phylogenetic EVE Model  .  .  .  . . . . 209
Ksenia Arzumanova, Rori V. Rohlfs, Lars Grønvold, Marius A. Strand,
Torgeir R. Hvidsten, and Simen R. Sandve
12 Beyond Transcript Concentrations: Quantifying Polyploid Expression
Responses per Biomass, per Genome, and per Cell with RNA-Seq  .  . 227
Jeremy E. Coate
13 A Robust Methodology for Assessing Homoeolog-Specific
Expression  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . . 251
J. Lucas Boatwright
PART IV POPULATION GENOMICS APPROACHES TO STUDY POLYPLOIDY
14 Analyzing Autopolyploid Genetic Data Using GenoDive  .  .  . . . 261
Patrick G. Meirmans
15 Inference of Polyploid Origin and Inheritance Mode from Population
Genomic Data .  .  .  .  .  .  .  .  . . . . . 279
Alison Dawn Scott, Jozefien D. Van de Velde, and Polina Yu Novikova
16 Population Genomic Analysis of Diploid-Autopolyploid Species  .  . . . 297
Magdalena Bohutı´nska´, Jakub Vlcˇek, Patrick Monnahan, and Filip Kola´rˇ
17 Inferring the Demographic History and Inheritance Mode
of Tetraploid Species Using ABC  .  .  .  .  .  . . . . . . 325
Camille Roux, Xavier Vekemans, and John Pannell
PART V EXPERIMENTAL APPROACHES TO STUDY POLYPLOIDY
18 Studying Whole-Genome Duplication Using Experimental Evolution
of Chlamydomonas  .  .  .  .  .  .  .  .  . 351
Quinten Bafort, Lucas Prost, Eylem Aydogdu, Antoine Van de Vloet,
Griet Casteleyn, Yves Van de Peer, and Olivier De Clerck
19 Studying Whole-Genome Duplication Using Experimental Evolution
of Spirodela polyrhiza  .  .  .  .  .  .  .  . . . . . 373
Tian Wu, Annelore Natran, Lucas Prost, Eylem Aydogdu, Yves Van de Peer,
and Quinten Bafort
20 Experimental Approaches to Generate and Isolate Human
Tetraploid Cells .  .  .  .  .  .  .  .  . . . . 391
Sara Vanessa Bernhard, Simon Gemble, Renata Basto,
and Zuzana Storchova
21 Measuring Cellular Ploidy In Situ by Light Microscopy .  .  . . . . . 401
Delisa E. Clay, Benjamin M. Stormo, and Donald T. Fox
22 Using Mosaic Cell Labeling to Visualize Polyploid Cells
in the Drosophila Brain  .  .  .  .  .  .  .  . . . 413
Shyama Nandakumar and Laura ButtittaContents xi
PART VI SEQUENCING, ASSEMBLING, EDITING AND ENGINEERING
POLYPLOID GENOMES
23 Sequencing and Assembly of Polyploid Genomes  .  .  .  . . . . 429
Yibin Wang, Jiaxin Yu, Mengwei Jiang, Wenlong Lei,
Xingtan Zhang, and Haibao Tang
24 Genome Editing by CRISPR/Cas9 in Polyploids  .  .  .  . . . . 459
Carlos Sa´nchez-Gomez, David Pose´, and Carmen Martı´n-Pizarro
25 Developing a CRISPR System in Nongenetic Model Polyploids  .  . . . 475
Shengchen Shan, Bing Yang, Bernard A. Hauser,
Pamela S. Soltis, and Douglas E. Soltis
26 Efficiently Editing Multiple Duplicated Homeologs and Alleles
for Recurrent Polyploids  .  .  .  .  .  .  .  . . 491
Rui-Hai Gan, Li Zhou, and Jian-Fang Gui
Index  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . . . . . 513

 

مشخصات فایل

عنوان (Title): Polyploidy_ Methods and Protocols
نام فایل (File name): 943-www.GeneProtocols.ir-Polyploidy_ Methods and Protocols-Humana Press (2023).pdf
عنوان فارسی (Title in Persian): پلی پلوئیدی - روشها و پروتکل ها
ایجاد کننده: Yves Van de Peer
زبان (Language): انگلیسی English
سال انتشار: 2023
شابک ISBN: 1071625608, 9781071625606
نوع سند (Doc. type): کتاب
فرمت (File extention): PDF
حجم فایل (File size): 27.1 مگابایت
تعداد صفحات (Book length in pages): 514

پس از پرداخت، دانلود فایل آغاز می شود

درباره درگاه پرداخت نکست پی بیشتر بدانید

 

درباره درگاه پرداخت نکست پی بیشتر بدانید

    تمامی نظرات و پیشنهادات شما توسط مدیران و مسئول سایت بررسی و رسیدگی می شوند. بسیاری از اصلاحات انجام شده در سایت طبق نظرات و پیشنهادات شما مخاطبان عزیز صورت گرفته است.
  • سلام تشکر عالی بود

ارسال نظر آزاد است، اما اگر قبلا در بیان ثبت نام کرده اید می توانید ابتدا وارد شوید.
شما میتوانید از این تگهای html استفاده کنید:
<b> یا <strong>، <em> یا <i>، <u>، <strike> یا <s>، <sup>، <sub>، <blockquote>، <code>، <pre>، <hr>، <br>، <p>، <a href="" title="">، <span style="">، <div align="">