-
قابل دانلود از سه شنبه, ۲۲ فروردين ۱۴۰۲
|
فهرست مطالب: Preface . . . . . . . . . . . . . . . . vContributors. . . . . . . . . . . . . . . . . . . ix PART I DNA METHYLATION 1 Generating Sequencing-Based DNA Methylation Maps from Low DNA Input Samples. . . . . . . . . . . . . . . . . . 3 Suzan Al Momani, Euan J. Rodger, Peter A. Stockwell, Michael R. Eccles, and Aniruddha Chatterjee 2 Data Analysis of DNA Methylation Epigenome-Wide Association Studies (EWAS): A Guide to the Principles of Best Practice . . . . . . . . . . . . . . . . . . 23 Basharat Bhat and Gregory T. Jones 3 Next-Generation Bisulfite Sequencing for Targeted DNA Methylation Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 47 Jim Smith, Robert C. Day, and Robert J. Weeks 4 Editing of DNA Methylation Patterns Using CRISPR-Based Tools . . . . . . . . . . . 63 Jim Smith, Rakesh Banerjee, Robert J. Weeks, and Aniruddha Chatterjee 5 Nanopore Sequencing and Data Analysis for Base-Resolution Genome-Wide 5-Methylcytosine Profiling . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 75 Allegra Angeloni, James Ferguson, and Ozren Bogdanovic PART II PROTEIN-DNA INTERACTIONS 6 Chromatin Immunoprecipitation Sequencing (ChIP-seq) Protocol for Small Amounts of Frozen Biobanked Cardiac Tissue . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 97 Jiayi Pei, Noortje A. M. van den Dungen, Folkert W. Asselbergs, Michal Mokry, and Magdalena Harakalova 7 A Robust Protocol for Investigating the Cohesin Complex by ChIP-Sequencing . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 113 Macarena Moronta Gines and Kerstin S. Wendt 8 Epi-Decoder: Decoding the Local Proteome of a Genomic Locus by Massive Parallel Chromatin Immunoprecipitation Combined with DNA-Barcode Sequencing. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 123 Maria Elize van Breugel and Fred van Leeuwen 9 A Protocol for Studying Transcription Factor Dynamics Using Fast Single-Particle Tracking and Spot-On Model-Based Analysis . . . . . . . 151 Asmita Jha and Anders S. Hansen 10 Characterization of Mammalian Regulatory Complexes at Single-Locus Resolution Using TINC. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 175 Anja S. Knaupp, Ralf B. Schittenhelm, and Jose M. Polo vii11 Profiling Protein–DNA Interactions Cell-Type-Specifically with Targeted DamID. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 195 Owen J. Marshall and Caroline Delandre 12 Genome-Wide Mapping and Microscopy Visualization of Protein–DNA Interactions by pA-DamID . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 215 Tom van Schaik, Stefano G. Manzo, and Bas van Steensel 13 The dCypher Approach to Interrogate Chromatin Reader Activity Against Posttranslational Modification-Defined Histone Peptides and Nucleosomes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 231 Matthew R. Marunde, Irina K. Popova, Ellen N. Weinzapfel, and Michael-C. Keogh PART III CHROMATIN ACCESSIBILITY 14 High-Resolution ATAC-Seq Analysis of Frozen Clinical Tissues . . . . . . . . . . . . . . 259 Paloma Cejas and Henry W. Long 15 Single-Molecule Multikilobase-Scale Profiling of Chromatin Accessibility Using m6A-SMAC-Seq and m6A-CpG-GpC-SMAC-Seq. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 269 Georgi K. Marinov, Zohar Shipony, Anshul Kundaje, and William J. Greenleaf PART IV GENOME STRUCTURE AND ORGANIZATION 16 Circular Chromosome Conformation Capture Sequencing (4C-Seq) in Primary Adherent Cells . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 301 Judith Marsman, Robert C. Day, and Gregory Gimenez 17 Mammalian Micro-C-XL . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 321 Nils Krietenstein and Oliver J. Rando 18 In Situ HiC . . . . . . . . . . . . . . . . . . 333 Timothy M. Johanson and Rhys S. Allan 19 LncRNA–Chromatin Pull-Down Using Biotin-Conjugated DNA Probes. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 345 Debina Sarkar and Sarah D. Diermeier 20 Superresolution Microscopy for Visualization of Physical Contacts Between Chromosomes at Nanoscale Resolution . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 359 Zulin Yu and Tamara A. Potapova Index . . . . . . . . .. . . . . . . . . . 377 مشخصات فایل |
|
| عنوان (Title): | Chromatin_ Methods and Protocols |
| نام فایل (File name): | 910-www.GeneProtocols.ir-Chromatin_ Methods and Protocols-Humana (2022).pdf |
| عنوان فارسی (Title in Persian): | کروماتین- روشها و پروتکل ها |
| ایجاد کننده: | Julia Horsfield, Judith Marsman |
| زبان (Language): | انگلیسی English |
| سال انتشار: | 2022 |
| شابک ISBN: | 1071621394, 9781071621394 |
| نوع سند (Doc. type): | کتاب |
| فرمت (File extention): | |
| حجم فایل (File size): | 11.8 مگابایت |
| تعداد صفحات (Book length in pages): | 375 |
پس از پرداخت، دانلود فایل آغاز می شود
درباره درگاه پرداخت نکست پی بیشتر بدانید
تمامی درگاه های پرداخت ژنـ پروتکل توسط شرکت دانش بنیان نکست پی پشتیبانی می شود. نکست پی دارای مجوز رسمی پرداختیاری به شماره 1971/ص/98 ، از شرکت شاپرک و بانک مرکزی جمهوری اسلامی ایران و دارای نماد اعتماد در حوزه (متمرکزکنندگان پرداخت) از مرکز توسعه تجارت الکترونیکی وزارت صنعت معدن و تجارت است.
